Un portale italiano nuovo, collegato a quello europeo, per la ricerca scientifica sul Sars-Cov-2 e Covid-19

Condividere la ricerca scientifica a livello nazionale e internazionale con dati informativi sul virus Sars-CoV-2 e sul Covid-19 accessibili a tutti per poter avanzare nella conoscenza del virus e dello sviluppo degli strumenti di prevenzione e di cura della malattia da un lato e poter venire alla conoscenza in modo chiaro dei passi compiuti e aggiornati dalla scienza in tal campo dall’altro è un obiettivo importante sia per i ricercatori stessi che per le popolazioni in questa epidemia di emergenza sanitaria che dura da un anno, travolgendo il cammino della vita e della salute umana ovunque è presente.

Un portale per ogni paese europeo, le cui documentazioni scientifiche prodotte vanno a confluire in un’unica piattaforma digitale europea chiamata The Covid-19 Data Portal realizzata nell’aprile 2020 dallo European Bioinformatics Institute (EBI istituto europeo di bioinformatica) su iniziativa della Commissione Europea per accelerare la ricerca sul nuovo coronavirus consentendo alla comunità scientifica internazionale di condividere i dati biomolecolari provenienti da ogni piattaforma nazionale di dati rendendoli disponibili ad un riuso. La piattaforma internazionale consente la conoscenza della ricerca in tal campo su scala globale in un’ottica di FAIR (rintracciabile, accessibile, interoperabilità e riuso) e si articola su tre elementi di raccolta: Sars-Co-V2 Data Hubs che organizza il flusso dei dati di sequenza del virus e fornisce una condivisione comprensiva dei dati accessibili (Open data) per le comunità di ricerca europea e globale; Federated European Genome-phenome Archive (Ega), che fornisce un accesso controllato sicuro condividendo dati sensibili di pazienti e della ricerca correlati al Covid-19; Covid-19 Data Portal che ospita la condivisione dei dati raccolti e facilita l’accesso ad altre risorse.

Un’iniziativa le cui basi per una Open Science e open data di sequenza del Sars-CoV-2 si sono poste con una lettera aperta firmata da 684 rappresentanti di istituzioni accademiche e organismi scientifici riconosciuti.

Al pari di quanto è già sorto in Svezia, Polonia, Slovenia, Norvegia e Giappone in Italia il nuovo portale ad esso dedicato, si chiama Covid-19 Data Porta Italy è realizzato dal nodo italiano dell’infrastruttura europea Elixir per i dati delle scienze della vita che ha contribuito allo stesso portale internazionale, coordinato dal Consiglio nazionale delle ricerche (CNR), in collaborazione con l’Istituto Superiore di Sanità, il Consortium GARR – Ministero dell’Istruzione e della ricerca e con 23 atenei ed enti di ricerca. Tra le università più impegnate in tale progetto sono l’università di Milano La Statale, l’Università degli Studi di Padova, l’Università di Roma Tor Vergata, l’Università degli Studi di Torino e l’Università degli Studi della Tuscia di Viterbo.

Visibile e accessibile sulla piattaforma sin da ora è un punto di aggregazione e accesso alla ricerca scientifica in ambito sanitario. Ne dà annuncio il professor Graziano Pesole dell’Università di Bari e Cnr-Ibiom, alla guida responsabile del nodo bioinformatico italiano Elixir, prevedendo che «Nei prossimi mesi sarà dunque molto importante arrivare ai ricercatori e offrire loro supporto concreto affinché possano rendere disponibili i loro dati in modo aperto e tempestivo. Questo sarà possibile anche grazie al supporto del tavolo di lavoro nazionale ICDI (Italian Computing and Data Infrastructure), che comprende i principali enti e infrastrutture di ricerca italiani, tra cui appunto Elixir-It, con l’obiettivo di sostenere la diffusione dell’Open Science».

Quattro sono le aree tematiche della ricerca italiana collegabili al sito internazionale Europeo: genomica e trascrittomica che contiene dati di sequenziamento e sequenze genomiche complete di Sars-CoV2 e altri coronavirus; dati sulle proteine dalle principali risorse di riferimento per i dati proteici sviluppate in Italia (il molecular InTeraction database (Mint), il database SIGnalig Network Open Resource, MobiDB, DisProt); dati di imaging sviluppati in Italia presso la Società italiana di Radiologia medica e interventistica (SIRM) e le immagini Tac assiali disponibili nel database SIRM; dati sanitari presso le risorse sviluppate dalla Protezione Civile – Github repository fornito dal Governo italiano, il sito web Epicentro-Epidemiologia per la salute pubblica sviluppato dall’ISS, il CovidStat INFN fornita dal gruppo di lavoro CovidStat INFN, Istat sui decessi, infografica sullo stato della campagna vaccinale in Italia, GITHub repository delle risorse di dati aperti Covid-19, Cresco dell’Enea quale centro di ricerca computazionale sui sistemi complessi.